Struktur Organisasi STAI-Nias
1. Ketua (Pimpinan)
2. Wakil Ketua I, II, III (Unsur Pimpinan)
4. Biro Administrasi Akademik Kerjasama dan Kemahasiswaan (Unsur Pelaksana Administratif)
5. Biro Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan (Unsur Pelaksana Administratif)
6. Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (Unsur Pelaksana Akademik)
7. Program Studi Manajemen Dakwah (Unsur Pelaksana Akademik)
8. Pusat Pengabdian kepada Masyarakat (Unsur Pelaksana Akademik)
9. Pusat Penjaminan Mutu Pendidikan (Unsur Pelaksana Teknis)

Pimpinan STAI-Nias
Ketua : Dr. Muhammad Abdi Lubis, M.Si
Wakil Ketua I : Yusnita Hasibuan, M.Pd
Wakil Ketua II : Bastari Marikan, MM
Wakil Ketua III : Robiah, M.Pd
Kepala Biro AAK : Rahmad Mulyadin Tanjung, M.Pd
Kepala Biro UAK : Budiman Alamsyah Telaumbanua, S.Pd
Ketua Prodi MPI : Nurbiah Pohan, M.Pd
Ketua Prodi MD : Mahrunnisa Gea, M.E